Heydər məscidi məscidinin təməli 1992-ci ilin “Qurban bayramı” günündə, Sarbanlar məhəlləsindəki mərhum Miriş Ağanın həyətində, İranın Urmiyəli inşaatçıları tərəfindən qoyulmuşdur. XVIII əsrin axırlarında müqəddəs Əshabi-Kəhf mağarasını ziyarətə gəlmiş İraqlı zəvvarlar arasında Miriş Ağa adlı mömin şəxs (onun ismi Əl Miriş İbn Əbdüllah olmuşdur) Naxçıvan şəhərində ailə qurub yaşamışdır.
Ümumi sahəsi 1400 kvadrat metr olan məscid binası iki mərtəbəli və qoşa minarəli tikilmişdir. Minarələrin hündürlüyü 31 metrdir, bişmiş kərpiclə hörülərək üstü minalı kaşılarla üzlənmişdir. Məscidin üzü şimal səmtinə olmaqla birinci mərtəbədə yardımçı otaqlar, ikinci mərtəbədə isə kişi və qadınların ibadət salonu tikilmişdir. Geniş salonunun ortasından qara pərdə gümbəzin içərisindən isə böyük elektrik çilçırağı asılmışdır. Məscidin portal darvazasında yuxarıdan ərəb və azəricə “Həzrəti Zəhra məscidi” sözləri yazılmışdır. Binanın gümbəzi ilə yan divarlarında Qurandan sözlər yazılaraq bəzədilmişdir. Gümbəzdə ərəbcə “Allahu Əkbər” (Allah təkdir) sözləri yazılmışdır. Həyətdəki hovuzlarda əlvan balıqlar saxlanılır, həyətyanı sahədə isə dekorativ bəzək kolları əkilib. Məscidin həyətində qaya parçası üzərində latın qrafikası ilə yazılı lövhə vardır. Qaya üzərindəki yazı belədir: “Heydər məscidi”.
1999-cu ilin 10 noyabr tarixində məscid bərpadan sonra öz qapılarını Naxçıvanlı möminlərin üzünə açmışdır.