Naxçıvan Azərbaycanın və Şərqin ən qədim şəhərlərindən biridir. Aparılan son tədqiqatlar nəticəsində aydın olmuşdur ki, bu ərazi ilkin şəhər mədəniyyətinin yarandığı mərkəzlərdən biri olmuş, əsası bir yaşayış məskəni kimi daha əvvəllər qoyulan Naxçıvan təxminən 5000 il bundan əvvəl şəhər kimi formalaşmağa başlamışdır. Şəhər haqqında ən erkən məlumat tarixçi İosif Flaviyə (e.ə. I əsr) və coğrafiyaşünas Klavdi Ptolemeyə (eramızın II əsri) məxsusdur. Mənbələrdə “Naksuana”, “Nəşavə”, “Nəqcuan”, “Nəxçuvan”, “Nəqşi-cahan” və s. şəkildə xatırlanan “Naxçıvan” sözünün mənşəyini alimlər müxtəlif cür izah edirlər. Xalq etimologiyasına görə “Naxçıvan” toponimi Nuh peyğəmbərlə bağlı “Dünya tufanı” ilə əlaqədar olub, “Nuhçuvan”-“Nuhçuların (Nuh tərəfdarlarının) məskəni”, “Nuhun diyarı” deməkdir. Nuh Peyğəmbərin qəbrinin  Naxçıvan şəhərində olması da bu fikri təsdiq edir.  

Manna dövləti dövründə, e.ə. IX-VI əsrlərdə Naxçıvan tanınmış şəhərlərdən biri idi. E. ə. VI əsrin ortalarından (e.ə. 550-ci ildə Midiya dövləti tənəzzülə uğradıqdan sonra) e.ə. IV əsrin 30-cu illərinədək Əhəmənilər dövlətinin hakimiyyəti altında olan Naxçıvan e.ə. IV əsrin sonlarından etibarən Atropatena dövlətinin (Kiçik Midiyanın) tərkibində olmuşdur. Bu dövrdə Naxçıvan Yaxın Şərqin bir sıra şəhərləriylə iqtisadi və mədəni əlaqələri xeyli genişləndirmiş, antik dövlətlərlə sıx ticarət əlaqələri yaratmışdır. Naxçıvan IV əsrdən Sasani dövlətinin tərkibinə daxil olmuşdur. VI əsrin 1-ci yarısında Naxçıvanda Sasanilərə məxsus zərbxana olmuşdur. Bu zərbxana Azərbaycanda ən qədim zərbxanalardan biri sayılır.

VII əsrin ortalarından Xilafətin tərkibinə qatılan Naxçıvan Azərbaycanın mühüm hərbi və siyasi-inzibati mərkəzlərindən birinə çevrilmişdir. IX əsrin sonlarında Naxçıvan Sacilər dövlətinin tərkibinə daxil edildi və X əsrin 30-cu illərinədək onun hakimiyyətində qaldı. Sacilər dövləti süquta uğradıqdan sonra isə Naxçıvan Salarilər dövlətinin tərkibinə daxil oldu. Naxçıvan şəhəri X əsrin 80-ci illərindən tarix səhnəsinə çıxan “Naxçıvanşahlıq” adlı feodal dövlətinin paytaxtı olmuşdur. Səlcuq sultanı Alp Arslan [1063-72] Azərbaycanda Rəvvadilər dövlətinin hakimiyyətinə son qoyduqdan sonra Səlcuqların Azərbaycan üzrə canişinliyi Naxçıvanda yerləşirdi. Böyük Səlcuq imperiyasının süqutundan sonra Azərbaycan ərazisində Şəmsəddin Eldəniz tərəfindən 1136-cı ildə Azərbaycan Atəbəyləri (Eldənizlər) dövlətinin əsası qoyuldu. Naxçıvan şəhəri Atabəylər dövlətinin paytaxtına çevrildi. Atabəylər dövründə Naxçıvan Azərbaycanın siyasi, iqtisadi, elm, təhsil və mədəniyyət mərkəzlərindən biri kimi şöhrət qazanmışdı.  

XIII əsrin əvvəllərində monqollar tərəfindən işğal edilən Naxçıvan ərazisi sonrakı dövrlərdə Hülakülər, Qaraqoyunlular və Ağqoyunlular dövlətinin tərkibində olmuşdur. Bundan sonra Naxçıvan ərazisi XVI yüzilliyin əvvəllərində yaranan Səfəvilər dövlətinin tərkib hissəsinə çevrilmişdir. XVIII əsrin 20-ci illərində Naxçıvanı işğal edən osmanlılar burada “Naxçıvan sancağı” adlı inzibati-ərazi bölgüsü yaratmışdılar. 1736-cı ildə Səfəvilər dövlətinin süqutundan sonra ərazi Nadir şahın yaratdığı Əfşarlar dövlətinin tərkibinə qatılmışdır.     

1747-ci ildə Nadir şahın öldürülməsindən sonra onun imperiyası  dağılmış və Azərbaycanda xanlıqlar yaranmışdır. Bu xanlıqlardan biri də əsası Heydərqulu xan Kəngərli tərəfindən qoyulan və paytaxtı Naxçıvan şəhəri olan Naxçıvan xanlığı idi. 1826-1828-ci illər Rusiya-İran müharibəsi zamanı Naxçıvan xanlığı rus qoşunları tərəfindən işğal edilmiş, Türkmənçay müqaviləsinə görə (1828) ərazi Rusiyaya ilhaq edilmişdir. Bundan sonra Çar Rusiyası Cənubi Qafqazda özünə etnik siyasi dayaq yaratmaq məqsədilə erməniləri kütləvi surətdə İrandan və Osmanlı imperiyasından Şimali Azərbaycana köçürmüş, onların bir hissəsini Naxçıvanda yerləşdirmişdir. Nəticədə, Naxçıvan şəhərinin və qəzasının etnik tərkibində ciddi dəyişikliklər baş vermişdir. Lakin buna baxmayaraq, şəhər əhalisinin mütləq əksəriyyətini buranın köklü sakinləri olan azərbaycanlılar təşkil etmişdir.

XX əsrin əvvəllərində ermənilərin Naxçıvana qarşı ərazi iddialarının daha da güclənməsi 1918-ci ilin əvvəllərində real təhlükəyə çevrildi, nizami daşnak silahlı dəstələri Naxçıvanın bir çox kəndlərini dağıdaraq dinc əhaliyə divan tutdu. 1918-ci il mayın 26-28-də Gürcüstan, Azərbaycan və Ermənistan öz müstəqilliklərini elan etdikdən sonra Ermənistanın daşnak hökuməti Naxçıvanı özünə ilhaq etmək siyasəti yeritməyə, Naxçıvanda dinc azərbaycanlı əhaliyə divan tutmağa başladı. Ancaq yerli əhalinin inadlı müqaviməti və türk əsgərlərinin bölgəyə daxil olması ermənilərin məkrli niyyətlərini həyata keçirmələrinə imkan vermədi. Mudros barışığına (1918) əsasən, türk qoşunları bölgədən çıxarıldıqdan sonra, bölgəni erməni-daşnak quldurlarından qorumaq məqsədilə Araz-Türk Respublikası yaradıldı. Naxçıvan şəhəri onun mərkəzi elan olundu.

1920-21-ci illərdə Cənubi Qafqaz respublikaları bolşevik-sovet rejimi tərəfindən işğal edildikdən sonra da ermənilər Naxçıvanı ələ keçirmək üçün cəhdlər göstərsələr də, yerli əhalinin inadlı mübarizəsi buna imkan vermədi. 1921-ci ildə bağlanmış Moskva və Qars müqavilələri Naxçıvanın Azərbaycan tərkibində muxtariyyət statusunu rəsmi olaraq müəyyənləşdirdi. 1924-cü il fevralın 9-da Azərbaycan SSR-in tərkibində Naxçıvan Muxtar Respublikası yaradıldı. 

 1929-cu il fevralın 18-də Zaqafqaziya Federasiyası Mərkəzi İcraiyyə Komitəsi totalitar inzibati-amirlik şəraitində Naxçıvan MSSR-in 9 kəndinin və Kilit kəndinin torpaqlarının bir hissəsinin Ermənistan SSR-ə birləşdirilməsi haqqında qərar qəbul etdi.

XX əsrin 80-ci illərinin sonlarında SSRİ-nin süqutu ərəfəsində yaranmış şəraitdən istifadə edən Ermənistan Azərbaycana, o cümlədən Naxçıvana qarşı ərazi iddialarını açıq silahlı təcavüz yolu ilə gerçəkləşdirməyə başladı. 1990-cı ilin yanvarında Kərki kəndi işğal edildi. Ermənistanın apardığı təcavüzkarlıq siyasəti nəticəsində Naxçıvan Azərbaycandan təcrid olunmuş vəziyyətdə, blokada şəraitində yaşamağa başladı. Naxçıvan Muxtar Respublikasının Ermənistanın təcavüzündən müdafiə edilməsində, son dərəcə çətin vəziyyətdə idarə olunmasında ulu öndər Heydər Əliyevin Naxçıvanda fəaliyyəti mühüm rol oynadı.

1990-cı il noyabr ayının 17-də keçirilmiş Naxçıvan MSSR Ali Sovetinin 1-ci sessiyasın ulun öndər Heydər Əliyevin təklifi ilə “Sovet”, “Sosialist” sözləri muxtar respublikanın adından çıxarıldı, Ali Sovetin adının dəyişdirilib Ali Məclis adlandırılması qərara alındı, Azərbaycan Xalq Cümhuriyyətinin 1918-ci ildə qəbul edilmiş üçrəngli bayrağı Naxçıvan Muxtar Respublikasının dövlət bayrağı kimi qəbul olundu. 1991-ci il sentyabrın 3-də Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisinin sessiyasında xalqın təkidli tələbi ilə Heydər Əliyev Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisinin Sədri vəzifəsinə  seçildi. Heydər Əliyevin Naxçıvan Muxtar Respublikasına rəhbərliyi sayəsində Naxçıvanın ərazisi işğaldan, əhalisi isə məhv olmaqdan xilas oldu.

1995-ci ildə qəbul edilmiş Azərbaycan Respublikasının Konstitusiyası ilə Naxçıvan Muxtar Respublikasına Azərbaycanın tərkibində muxtar dövlət statusu verilmişdir. 

Naxçıvan bu gün dinamik inkişaf edən qədim Azərbaycan torpağı, türk yurdudur.